5 /5 Thắng Phạm Anh Tháng 8/1965 trong giai đoạn đế quốc Mỹ mở rộng chiến tranh phá hoại Miền Bắc lần thứ nhất, 8 lớp học của trường Cấp III Nguyễn Gia Thiều sơ tán về Xã Đình Xuyên - Gia Lâm - Hà Nội lấy tên là trường Cấp III Nguyễn Gia Thiều B.
Sau trận lụt năm 1971, trường chuyển địa điểm về Thị trấn Yên Viên, mang tên Trường Cấp III Yên Viên, nay là THPT Yên Viên.
Năm 1972 đế quốc Mỹ mở cuộc chiến tranh phá hoại lần thứ 2 đối với Miền Bắc. Khu vực Thị trấn Yên Viên là một trong những trọng điểm đánh phá ác liệt. Một lần nữa trường lại phải sơ tán vào Ninh Hiệp, Phù Đổng, thầy trò lại đào hầm, dựng lớp vượt qua những khó khăn để hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ dạy và học.
Từ năm 1995 đến nay tuy phải chịu nhiều tác động của nền kinh tế thị trường, song nhà trường vẫn vững bước đi lên trong sự nghiệp giáo dục và đào tạo thế hệ trẻ thành những con người có tri thức, có đạo đức phục vụ cho sự nghiệp công nghiệp hóa, hiện đại hóa đất nước. Cơ sở vật chất ngày càng khang trang, phòng học, phòng thực hành, phòng máy tính, phòng đa năng…Khung cảnh sư phạm xanh - sạch - đẹp, tạo điều kiện cho giáo viên, học sinh dạy tốt, học tốt, để học sinh mỗi ngày đến trường là một ngày vui. Trường vừa chú trọng dạy chữ đi đôi với dạy người, luôn đổi mới phương pháp dạy học, rèn luyện cho học sinh phương pháp tự học, tự rèn, phát triển năng lực của học sinh, giáo dục giá trị sống, rèn kỹ năng sống cho các em…Nhờ đó chất lượng giáo dục của nhà trường ngày được nâng cao.
50 năm xây dựng, trưởng thành và phát triển, trường THPT Yên Viên đã đào tạo được hàng ngàn học sinh ưu tú, trong đó có nhiều nhà khoa học; văn nghệ sĩ, các bác sĩ, kỹ sư; các doanh nghiệp; các nhà quản lý giỏi; nhà giáo ưu tú; thầy thuốc ưu tú, đã có những đóng góp đáng kể cho công cuộc đổi mới và dựng xây đất nước và Thủ đô. Trong công cuộc bảo vệ Tổ quốc, lớp lớp thế hệ thầy và trò nhà trường đã xếp bút nghiên lên đường chiến đấu, một số đã anh dũng hy sinh vì độc lập tự do của dân tộc.